新生兒疾病篩查基本項目為免費項目,共有三項，即苯丙酮尿癥、先天性甲狀腺功能減低癥兩種遺傳代謝性疾病篩查和聽力障礙篩查。

擴增項目如串聯質譜(不含苯丙酮尿癥)、腎上腺皮質激素增生癥篩查為自費項目。產婦可根據自身情況擴增篩查項目,擴增項目費用自付。